杨秀清一向看不起韦昌辉，认为韦昌辉不过是家里有钱，在太平军最困难的时候倾尽家财资助太平军，才取得了如今的地位。
太平军早期，韦昌辉没有什么战功，负责太平军的后勤事宜，依附于西王萧朝贵。萧朝贵借天兄下凡，逼迫洪秀全承认韦昌辉为天父之子。
1854年，韦昌辉的部将张子朋受命率军援鄂，需要水营拨给战船。水营一向以东王部下自居，看张子朋是北王的人，便怠慢了张子朋。
张子朋大怒，殴打水营士兵，激起水营兵变。水营主帅唐正财不能弹压，杨秀清亲自出面才留住水营官兵。
为此，杨秀清杖责韦昌辉数百，杖责张子朋一千。韦昌辉被打得奄奄一息，躺在床上不能动弹。
韦昌辉属下有个裨将为此而抱怨杨秀清，但韦昌辉为了讨好杨秀清，竟然一怒之下杀了这个裨将，“以谢秀清。”
为了这件事，带兵在外的韦家老四-韦俊闻讯赶回天京，一心要找杨秀清拼命。就连一向老实巴交的老大韦志滨也气的把家里的东西砸了个粉碎。
堂堂北王，竟然被东王杨秀清打成这样。是可忍，孰不能忍？
但韦昌辉还是忍了下来，他知道自己得罪不起杨秀清。若韦家兄弟不识相，胆敢挑衅杨秀清，以杨秀清心狠手辣的作风，他不敢杀韦昌辉，可杀一个志俊、韦志滨可是毫无顾忌。
韦昌辉极力压制住自己兄弟，把屈辱埋在了心底。但他还是没保住自己的哥哥。
有一次，韦昌辉的亲哥哥韦志滨与杨秀清的小妾的哥哥争夺房产。小舅子告状到杨秀清那里，杨秀清怒不可遏，便放出风声来，一定要杀了韦志滨。
这韦志滨是韦昌辉的亲哥哥，在私下里可是韦家的族长。但韦志滨一向懦弱，所以韦家的事都由韦昌辉说了算。
韦昌辉听说哥哥惹怒了杨秀清，急得直跺脚。偏偏杨秀清使坏，把这桩桉子甩给韦昌辉，要求韦昌辉处理。
杨秀清不是非要杀韦志滨，他明摆着是冲着韦昌辉来的呀！韦昌辉有苦说不出，最后竟然大笔一挥，判亲哥哥五马分尸。
自此以后，韦昌辉对杨秀清更加恭顺，军国大事概不插手，一丝不苟执行杨秀清的决策。
杨秀清开会布置机宜，韦昌辉毫不发言，只会夸赞杨秀清庙算无遗，自己根本想不到。又说自己没有才干，一切都仰仗杨秀清照顾。
韦昌辉谄媚到这种份上，杨秀清也对他慢慢放松了警惕，认为韦昌辉已经完全屈服于自己了。
杨秀清想不到的，韦昌辉表面顺从的背后，却是刻骨铭心的仇恨。
韦昌辉的北殿派系中，除了韦俊在外镇守武昌外，还有一员大将-燕王秦日纲。
秦日纲衙役出身，除了愚忠外，无甚将才，屡次被杨秀清凌辱。
田家镇之败后，杨秀清将主持战事的秦日纲由燕王贬为顶天燕，并下狱候审，罚没为奴。当然，他并未被真的罚作奴隶，仍旧带罪理事。
半年之后，杨秀清就将他官复原职了。这也是杨秀清的驭人手段，名将林启荣、曾钊扬、曾天皓等受过类似的处分。
但之后的“牧马人事件”，则将秦日纲彻底推向了杨秀清的对立面。
杨秀清是孤儿，自小被伯父杨庆善养大。定都天京后，杨庆善鸡犬升天，被封为国伯，俨然为天平天国的国宗之首。
有一次，杨庆善乘车出巡，路上遇到了燕王府的马夫。这马夫是个粤西老兄弟，与杨庆善很早就认识，还是老朋友。
杨庆善是国伯，和马夫已是天壤之别。这马夫正在洗涮马匹，见到杨庆善没有跪拜以示尊敬。
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杨庆善大怒，当场令手下鞭打马夫两百。事后，杨庆善余怒未消，把奄奄一息的马夫送到卫国侯黄玉昆处，想让黄玉昆再加重惩罚。
黄玉昆主管天国刑部，是翼王石达开的岳父，为人正直磊落。他觉得杨庆善已经惩罚过马夫，反而劝告安慰起杨庆善来。
杨庆善不肯罢休，找到杨秀清哭诉。杨秀清一听大怒，传令翼王拘捕黄玉昆。
这黄玉昆读过书，年轻时是个有良心的讼师，天国的刑名法律都出于他之手。当年南王冯云山入狱，还是黄玉昆四处活动，买通官府，降低了冯云山的罪名。
黄玉昆听说杨秀清逼迫自己的女婿石达开捉拿自己，愤而辞职。左天侯陈承瑢是百官之首，他以同僚之情，为黄玉昆说情。
杨秀清不为所动，竟把陈承瑢也逮捕入狱。陈承瑢见状，也以辞职要挟。燕王秦日纲也提出辞职。
一时间，一个小小的马夫，把天国的所有高官都牵连了进来。
杨秀清不容自己的权威受到挑战，最后杖责秦日纲一百，杖陈承镕二百，杖黄玉昆三百，秦日纲的马夫被五马分尸。
通过这个“牧马人”事件，杨秀清借此打击了天京城内的高官。但他假公济私，众人心中不服。
黄玉昆主管天国刑部，职权尚小，得罪他本人没什么。
但黄玉昆的女婿是石达开，在外带兵多年，兵精马壮，力量不容小觑。
还有这陈承镕，是天国百官之首，也深为洪秀全、杨秀清“宠任”。他有个侄子，正是太平军内一颗冉冉升起的将星-陈玉成。
陈承镕受封左天侯，乃是左助东王处理天国大事之意。凡天国军事政治事务，杨秀清专断，但必须由陈承镕传宣上达，显然是个实权人物。
陈承镕伪善、阴狠，私下与秦日纲交好，势同进退。杨秀清最不该得罪的人就是陈承镕。
东王亲信虽然遍布天京城内外，但他们属于东殿官员，不是天国正式的官员。天国正式的官员，在名义上仍是由洪秀全册封，受洪秀全直接领导的。
以陈承镕为代表的天国官员，手上虽无兵权，但深受天王信任，组织仪式，传达政令，在太平军将士中享有崇高的地位。这是杨秀清的武力所无法抹杀的。
杨秀清目不识丁，却极富军政才能。在他的治下，太平军一路开疆拓土，清军毫无招架之力，处处被动。
但杨秀清不读书，也就不懂得韬光养晦的道理，为人飞扬跋扈，史所罕见。他把天国的重要官员几乎都得罪了一遍，不仅得罪诸王侯，还时不时地因为小过而严惩东王府内的官员。
总的来说，杨秀清打击政敌不遗余力，但他尚能知人善任，赏罚分明。他亲手提拔的李秀成、陈玉成、李侍贤、黄文金、林启荣、吴如孝等人都是名将，令清军闻风丧胆。
在杨秀清治下，太平天国是扩张的、进取的。
前者，石达开、秦日纲等人带兵回天京，攻破江南、江北大营。韦昌辉当时负责天京城防，紧密配合城外的石达开、秦日纲，时不时地出城作战。
韦昌辉、石达开、秦日纲等实权人物频频接触。东王的细作不断传回情报，说三王来往密切，似有谋逆之心。
杨秀清为了抢夺西征果实，派了不少亲信到外面，天京城内的防御力量有所削弱。
得到情报，他急令石达开带兵前往武昌，令韦昌辉带兵到江西，令秦日纲带兵东征。
但秦日纲东征不顺，眼见火军接连攻下江阴、常熟、太仓、嘉定。秦日纲连丹阳小城都攻不下，只能捡火军放弃的金坛据城休整。
杨秀清闻讯大怒，再次借天父下凡，骂秦日纲等帮妖，如同清妖。
秦日纲惶惶如丧家之犬。而两江总督怡良在金坛投入万余兵马，秦日纲的处境更加艰难，连金坛都守不住了。