事情的发展已经大大超出洪秀全的预料，他原本只想杀杨秀清兄弟四人。可韦昌辉却说，不仅要杀尽天京城内外的东殿党羽，还要诛杀前线的东殿大将，如杨辅清等。
要杀前线大将，岂不是自毁长城？洪秀全不答应，韦昌辉却目露凶光，赖在天王府不走。
洪秀全十分不快，他隐隐感觉到：韦昌辉就是另一个杨秀清，他才能不如杨秀清，凶狠恶毒却远远过之。
最后，陈承瑢出来和稀泥，劝说洪秀全诛杀天京卫戍部队中的东殿党羽，前线东殿大将暂不波及。陈承瑢足智多谋，献了一条毒计：
洪秀全公开颁布诏书，就说韦昌辉、秦日纲矫诏诛杨，滥杀无辜。天王下令对这两个乱臣贼子鞭刑五百，请东殿党羽前来观刑。
太平天国刑罚残酷，犯人绝对撑不过五百鞭刑。
洪秀全勉强同意，转身就下令亲信蒙得恩加强天王府防务，从此紧闭天王府。他自己躲在幕后，让韦昌辉等人在前面上蹿下跳。
在太平天国，承宣天王诏旨程序极为繁琐，需用女官宣诏、诏书专用黄绸、印玺、文书专用格式等，极难伪造。陈承瑢一向负责承宣天王诏旨，对其非常熟悉，东王党羽对此并无怀疑。
刑场就设在天王府旁一处大院落内，六千多名东殿将士前来观刑。他们不名就里，在门外被守卫解除了武器。韦昌辉、秦日纲两人被铁链捆住，被绑在行刑台上。
然而，等东殿将士来得差不多了，一队荷枪实弹的亲兵拥上行刑台，护卫韦昌辉、秦日纲从后门离开。
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紧接着，各门紧闭，从墙外扔进无数炸弹。东殿将士完全想不到，堂堂天王竟会做出如此卑劣的行径。他们猝不及防，手无寸铁，只能扒房墙砖头抵抗。
这是一场惨绝人寰的屠杀。屠杀者使用枪、炮猛轰东殿将士，后来，他们干脆赤裸右臂，冲入了房内，把剩下的抵抗者统统杀死。
屠杀足足持续了六个小时。
紧接着，韦昌辉要求斩草除根，派北殿部队搜杀老弱妇孺。秦日纲向来没有主见，跟随韦昌辉，放纵燕殿部队大开杀戒。
史载，死于天京事变的东殿党羽，共有两万多人。
天京事变已经发生多日，韦昌辉仍在大肆捕杀杨秀清余党。天京城内血流成河，尸体堵塞了秦淮河，韦昌辉仍无收手的迹象。
军民人人自危。天京城方圆一百多里，以天京之大，只有五个宅邸还算安全：天王府、北王府、燕王府、䂊王府、佐天侯府。
韦昌辉控制天京城门，只进不出，严密封锁天京事变的消息，在城内大肆诛戮。
杨秀清活着时，韦昌辉备受屈辱，心理早已扭曲。杨秀清一死，韦昌辉内心的恶魔也被释放出来。为了报仇，为了立威，他大开杀戒，恨不得杀掉每一个可能与杨秀清有关联的人。
蒙得恩、洪仁达等近臣向洪秀全哭诉，要洪秀全下旨制止韦昌辉。洪秀全拗不过他们，下了几道诏令。
秦日纲一向尊奉洪秀全，接到诏令后收敛了许多。可韦昌辉已经丧失了理智，又得不到军师之职，颇为恼怒。
太平天国军师权力最大。杨秀清为军师，他死了，军师理应由韦昌辉接任。洪秀全却认定要“主由我做，军师亦由我做”，坚决不肯封韦昌辉为军师。
韦昌辉恼羞成怒，不把天王诏令放在眼里，反而杀得更欢了，借此向洪秀全示威。
洪秀全后背发凉，只得令近臣蒙得恩加强天王府防务，在天王府四周角楼上部署了黑洞洞的大炮，又动员了两千名广西大脚妇女守卫天王府。
从9月3日下午起，秦淮河水便透着一股浓烈的血腥味，不时有浮尸通过秦淮河漂至城外。
与此同时，天京以东的丹阳、金坛前线，一向兵锋甚盛的太平军，反而开始收缩战线，主动放弃进攻丹阳、金坛。
越国情报局在天京城内外派有大量特工。韦昌辉严密封锁天京城，城内的特工也无法对外传递消息。
城外的特工根据这些迹象，向广州的情报局总部、福州的东征军司令部发出急信，报告天京事变可能已经爆发。
杨烜得到消息，欣喜异常，再次派出精干特工前往天京刺探情报。
9月20日，前线特工发回消息，确定天京事变已经爆发。但没有确切的证据，可以证明杨秀清已死。
太平军在天京以东不断收缩战线，不战而退。杨烜据此判断，杨秀清必已死于天京事变，太平军正处于空前的混乱状态。
这正是杨烜建号称帝的大好时机，也是革命军收编太平军，抢占太平天国地盘的天赐良机。他当即立断，紧锣密鼓地发出多条命令：
一、向革命军发出总动员令，要部队加紧准备，择日北伐。此次北伐的真正目的，不在于讨伐清军，而在于讨伐韦昌辉，占据东南膏腴之地。
可以预想的是，革命军不仅要遭遇到太平军的抵抗，亦将与清军江南、江北两大营，乃至如日中天的湘军，展开你死我活的斗争。
预计，这将是一场旷日持久的战争。杨烜对此极为重视，动员起革命军所有海陆军，准备花费两到三年时间，占领东南各省，消灭各路敌军。
二、公开宣称“靖难”，号召“为东王报仇”，准备起兵讨伐韦昌辉。
杨烜曾与杨秀清结为兄弟，越国也在名义上也遥尊太平天国。他起兵为杨秀清报仇，乃是天经地义，也能得到东殿部队的支持。
不过，报仇是假，抢占地盘是真。天京事变将给太平军造成极大的混乱，却也将方便杨烜浑水摸鱼。他打算直取天京，顺手灭了太平天国，然后建号称帝，正式与满清争夺天下。
三、派特工潜往各地，串联东殿大将，
太平军刚开始西征时，一路势如破竹。杨秀清为了控制天国，把东殿大将分派在沿江各处要害部位。这在客观上，造成东殿兵力分散，无力在战场上建功。
太平军打破江南、江北大营后，形势一片大好。杨秀清也放松了戒备，将东殿大将派往各个战场，试图抢占胜利果实。
譬如，杨秀清的结拜兄弟、国宗提督军务杨辅清，便被派往江西督师。
天京事变后，这些分散的东殿大将群龙无首，也难以为杨秀清报仇。韦昌辉胁迫洪秀全下诏，向各地太平军宣告杨秀清谋反，把他斥为“东孽”，又诛杀了在安徽做抚民官的杨元清、杨转清等杨氏兄弟。
东殿大将分守各地，人人自危，根本就无人出头，更没人敢起兵反抗韦昌辉。要不是他们手上握有兵权，被洪秀全、韦昌辉忌惮，他们也将布杨氏兄弟的后尘。
杨烜号召为杨秀清报仇，预计将得到许多东殿大将的响应。有他们做内应，革命军也将更顺利地接收太平天国的地盘。