宇智波斑为了实行月之眼计划，将轮回眼移植于千手一族的远亲漩涡一族的后裔——长门身上，希望日后长门能用外道·轮回天生之术复活自己，而长门从此拥有了轮回眼。
羁绊
哭泣的国家
第二次忍界大战时期，两名木叶忍者闯入长门家里。误以为长门的父母是敌人将其父母杀死。害怕的长门无意识开启轮回眼，将入侵者杀死。失去父母的长门从此过着流浪的日子...后来晕倒在路上被经过的小南救起，并把长门带到了一个**里结识了弥彦，同为战争孤儿的三人决定相依为命。[6]
一天三人走在路上险些被天上落下绑有**符的苦无击中，随后三人发现在不远处雨隐之村的首领半藏正与三位木叶忍者（后来的木叶三忍）交战。[7]当时沦为三大国主战场的雨隐之村战乱不断。回去之后，长门和弥彦、小南为了得到力量使自己变强，能改变这个常期战乱不断的国家，决定跟之前和半藏交战的三位木叶忍者学习忍术。于是三人一起开始踏上了寻找木叶三忍的旅途...历经艰险，三人终于遇到木叶三忍。后来自来也决定留下照顾战后孤儿，就当是对这个饱受战火的国家的补偿。
第二次忍界大战结束后，雨隐之村还处于**时期，依旧有一些忍者为了抢夺食物财产甚至为了报复去骚扰雨忍村民，这段时间长门三人在自来也的教导下学习忍术。
三年后，自来也看到三个孩子可以独立了，把和平的重任托付给了长门就离开了他们。
挚友殒命
长大后的三人以弥彦为首创立了晓。立志不靠极端武力来创造世界和平，之后有许多人加入了这个组织，晓逐渐壮大并声名鹊起。远在木叶的自来也还偶尔听到他们的战斗事迹。中途宇智波带土（此时身份为宇智波斑）曾经找过长门，并试图拉拢长门等人，但被长门和弥彦拒绝。
被半藏暗算
当时的雨隐之村首领半藏受到志村团藏的蛊惑，害怕他们势力的扩大会威胁到自己的统治地位，所以半藏欺骗他们说，想借用他们的力量，向火、风、土三大国提出和平的交涉提案（因为雨隐之村处在三大国的交接处，战略地位非常重要，而且当时第三次忍界大战十分激烈），弥彦答应了他的请求。
但是他们到了会谈的地点，才发现这是个圈套，半藏勾结团藏，在会谈地点埋伏，参与抹杀他们三个的还有木叶的暗部。半藏以事先擒获的小南的性命作要挟让长门杀了弥彦，弥彦为了救小南让长门杀了自己。
在不知如何选择之时，弥彦撞到了长门的苦无上，倒在了长门身旁。就当半藏要将他们全部杀死的时候，长门挡住了半藏的手下的所有攻击，然后救下小南，双腿中了半藏的火遁·起爆炎阵。眼见遭受欺骗，挚友又死在自己面前，在极度愤怒之下使用轮回眼召唤出外道魔像，震惊了全场所有人。之后木叶的暗部和半藏的手下都被外道魔像抽取灵魂，半藏、团藏落荒而逃。
弥彦死后，长门成为了晓的首领，并使用轮回眼制出了尸体傀儡佩恩六道，弥彦的遗体被长门制作成为佩恩六道之中的天道佩恩，用来统率晓组织。
青年长门
后来，半藏被长门控制的佩恩六道所杀，从此长门支配了雨隐之村。[9]
收集尾兽
宇智波斑死后，宇智波带土（面具男"阿飞"）按照宇智波斑的吩咐和绝找到三人，自称"斑"，试图拉拢长门，但被弥彦阻止。弥彦死后，长门再次遭受失去重要之人的巨大打击，他意识到之前找到的答案根本就一文不值。认定只要在这个被诅咒的世界，不会有真正的和平，人与人之间是永远不会相互理解的，对和平的理解走上了极端。于是长门和宇智波带土合作，计划收集尾兽，开发新的禁术，制造尾兽兵器，获得可以瞬间摧毁一个国家的力量，靠人类对那些痛楚的恐惧来抑制战争，以痛苦的方式引导世界，让世界走向和平。晓也因此改变了性质，从原来的雇佣兵组织变成了一个由S级叛忍组成的邪恶组织。
与宇智波带土合作
对战自来也
自来也为打探晓首领的情报，潜入了雨隐之村。之后见到了佩恩及小南，这才知道原来晓首领佩恩是自己在第二次忍界大战末期在雨隐之村所收的徒弟——长门。冷酷无情的佩恩已不再顾念师徒之情，师徒之战一触即发。自来也使出仙人模式，并召来两位蛤蟆仙人（深作及志间仙人）相助，成功打败了三个佩恩。但因之后不了解佩恩六道的能力，所以最终被佩恩六道打败而牺牲。但最后自来也查出了佩恩六道及其本体的秘密（都是自己曾经遇到的忍者，佩恩六道均为傀儡忍者，受长门操控）。
摧毁木叶
佩恩六道袭击木叶
佩恩和小南一起袭击木叶捕捉九尾人柱力——漩涡鸣人。修罗道、畜生道、饿鬼道分为诱敌组；天道、人间道、地狱道和小南为探索组，开始了袭击。[10]期间与卡卡西交战[11][12]，并杀死了卡卡西[13]，在用人间道得知了鸣人在妙木山后[14]，控制天道来到木叶上空，然后用畜生道将修罗道、人间道、饿鬼道、地狱道还有小南通灵到木叶村外，不惜以缩短寿命的代价，执意使用神罗天征将整个木叶隐村摧毁！之后佩恩六道与从妙木山赶回来的漩涡鸣人交战。
佩恩六道被漩涡鸣人逐个击败后，鸣人在小南用纸制作的一棵大树里找到了佩恩的本体——长门，两位预言之子终于相遇。[22]鸣人想要知道长门的过去，并想从长门的经历找出和平的答案。[23]长门将父母之死及挚友弥彦之死一生两大痛楚向鸣人讲述后[23][7][24][25]，鸣人拿出了自来也写的第一本书《毅力忍传》。[25]《毅力忍传》的写作灵感来源于自来也的一个弟子，这个弟子正是长门。[9]经过一番谈话后，长门被鸣人所感化，重拾少年时期的梦想[9]，放弃和宇智波带土的原定计划，用外道·轮回天生之术复活了在佩恩一战所死之人，将自己的意志托付给了鸣人后力竭而亡。
忍界大战
第四次忍界大战时期，长门被药师兜用秽土转生复活，并与宇智波鼬一起行动。后被兜控制与鸣人和奇拉比战斗。失去意识的长门，缺乏自主机动性。在吸收奇拉比的八尾查克拉后身体恢复了原来年轻的状态，但由于腿上的伤，依然无法自如行动，兜便以通灵兽的轮回共享视野弥补这一缺点，相继捕获鸣人与奇拉比，两人危在旦夕。但最终却因中了别天神而脱离兜控制、隐蔽起来的宇智波鼬从死角射出苦无破坏共享视觉共享而失手。之后长门使出地爆天星，鼬分析出地爆天星的特征以及弱点并引导鸣人与奇拉比一起合力使用最强远程攻击忍术破解了地爆天星，随即长门被宇智波鼬的十拳剑所封印。
秽土转生
在临死之际，长门恢复了意识，对自己的一生做了评价，充分认同师父自来也的第一部作品，给予了堪称完美的评价；对自己的第二部作品给予了一般评价；并把希望寄托于鸣人，希望鸣人的第三部——完结篇，能够完美落幕，抹掉自己的第二部的缺憾。
最后，长门带着希望，含笑而逝。首先，长门的目的是剥离鸣人体内的九尾，只要自来也还存在，那么就会让佩恩的失败几率增加。大家不要忘了，自来也一个人就干掉了两个佩恩，要是他知道佩恩的情报，没有被偷袭的话，他或许真的会逆袭。长门不希望自己的计划出现任何的变数。
其次，他是为了防止情报泄露。如果长门单纯只是不让自来也帮助木叶的话，他完全可以选择把自来也囚禁。可是他并没有这么做，就是因为他害怕有关自己的资料会流传出去。自来也作为三忍，肯定有很多稀奇古怪的忍术。哪怕是把他绑起来，自来也或许都有办法逃脱。所以，长门干脆选择快刀斩乱麻，直接杀死自来也以此来做到永绝后患。而且自来也其实也是比较决绝的，他有机会逃走，但是他为了获取更多的情报所以才会选择和佩恩死战。只可惜他的这些情报并没有为木叶提供多少帮助。
还有，长门并没有大家想象的那么善良。原来的那个长门的确是一个小天使，但是自从弥彦死去之后，原来的那个长门也死去了，现在活下来的不过是一个恶魔。当一个人真的举起屠刀之后，他就很难再放下去了。自来也是长门和这世界之后的羁绊，当他杀死这个世界之后，他对这个世界就再约没有怀念，而是可以安心继续自己的复仇大计了。所以很多人说，长门是可恨的，同时又是可怜的。或许正是因为长门是那种纯粹的人，所以他在正义阵营的时候才会非常的善良，而在化身为魔之后变得异常邪恶。
还有，就是剧情杀的因素了。其实从剧情上来说，自来也是完全可以不死的。但是为了营造那种悲凉的气氛，为了促进主角鸣人的成长，所以自来也是必死的。他不是死在了佩恩的手中，而是死在了岸本的笔下。虽然很多人都希望自来也能够活下来，看到鸣人成为忍界英雄。但是大家不得不承认，自来也在对战佩恩的时候死去是最完美的。
为何长门在杀害自来也杀伐果断，却对雏田手下留情？难道插歪了？
相信大家都能领略到佩恩六道的杀伐果断，这都是因为那些难以忘怀的经历使他们成长，众所周知自来也是佩恩六道的师傅，准确的来讲是佩恩六道操控者长门的师傅，但是自来也的嘴遁不够强，没能引长门几人走上正途，他们也是经历了好几个刺激，先前他们亲眼目睹自己的母亲被木叶忍者杀害，之后又看到自己的挚友弥彦倒在自己的怀里，这致使他的内心想法也走上了扭曲。
因此他造出了佩恩六道，在晓组织一直贯彻的理念就是以战止战，佩恩这个名字就是意味着痛苦惩罚之意，而佩恩六道存在的意义就是为了让痛苦的轮回中孕育出长久的和平，让世界感受痛楚，因此晓组织一直到现在，也都残杀了很多忍者，他这是在用血肉铸造和平，不过在佩恩杀害的的人民单上，却对雏田手下留情，这又是为什么呢？
在佩恩六道入侵木叶村的时候，木叶村的忍者尽数被佩恩六道残杀，不过最终还是等到了鸣人出场，几番战斗之后，佩恩六道只剩下天道一人，而鸣人则倒在地上，身上各处都插着黑棒，不过却很巧妙的避开了要害，这也是为了抑制鸣人的行动，真正的目的是获取九尾尾兽。
这时候日向雏田登场了，目的就是为了保护鸣人，明知自己弱小的实力却依旧站了出来，明知道自己面对的是神，而自己却毫不犹豫的迈前一步，在经过一段对话之后，操控天道背后的长门也明白了雏田的执着，几番试探之后，也对雏田手下留情，有几下应该不是插歪了缘故吧。
这其实是因为长门在雏田身上看到了自己和挚友的影子，这种不畏生死的意志也在弥彦身上看到了，当时弥彦死在自己怀里的时候，也是为了大义牺牲的，当时他应该也想起了创办晓组织的初衷，内心也是有一丝的动摇，之后长门复活木叶村的忍者，应该有一部分是雏田的功劳。
佩恩有一个比较有趣的设定，那就是6个佩恩居然都是自来也曾经认识的人，长门从小到大经历的战争无数。死过的伙伴也不少，那为啥选这六个佩恩呢？如果选的是自来也不认识的人，自来也估计也猜不透佩恩一共有6个。不少人就猜测，那是不是长门有意战败而提前用这种含蓄的方式给自来也暴露自己的秘密呢？
个人觉得吧，这种猜想并不能成立。首先，佩恩为何要故意败给自来也？对战之时，他们二人人生观是完全相悖的，自来也主张理想拯救世界，长门认为武力才能维护和平，双方谁都没说服谁，于是只能用拳头维护自己的信念。长门对自来也可谓毫不留情，处处杀招，自来也亦是如此。更何况带土还没搞到九尾，长门有利用价值，带土绝不可能与其翻脸。无论从哪个角度来讲，长门没有故意战败的理由。
其次，佩恩败给自来也能得到什么。长门接手晓是完成弥彦的遗愿，弥彦理想派的结局他看在眼里，此刻的他就如同前面说的，与老师的主张完全相悖，更何况自己在五大国犯了那么多大案要案，别的不说，窝藏s级叛忍这一条五大国得轮流揍他，此时他战败给自己带不来一点好处。从他接管晓那一刻起，注定无法回头，要么自己**掉计划挫败；要么自己达成心愿世界和平。从这个方面来看，也长门诈败同样不成立。
那为什么长门要挑选自来也认识的忍者制作佩恩六道呢？答案很简单，一个字，缘。当然这种缘并非单纯地彩票概率一般的巧合，与自来也人生经历有着脱不开的关系。自来也战死之时已经五十四岁，除去前二十几年的战场生涯，其余三十多年皆在忍界四处游历写书。
三十年啊，就算一天走一里也足可以把五大国转个遍，这么丰富的旅游经历让他得以结识更多优秀的忍者。从回忆来看，这些忍者均与自来也进行过交流，只不过他们心中没有自来也想看到的改变世界的决心，因此才没把他们放在心上。
不过这些被制成佩恩的忍者也并非等闲之辈，否则没资格与老练的自来也相谈甚欢。可以这样讲，即使长门用的不是这几个人，自来也同样能认出他们，因为他的人生经历实在太丰富了！